Что интернет провайдер знает о пользователе?

Когда я захожу на определенный сайт, провайдер видит URL?

Да.

А если я захожу на https?

Известен IP сервера и имя домена. Больше ничего.

Откуда провайдер узнает, что я скачиваю определенный фильм/программу через torrent?

Торрент-клиент общается с трекером по HTTP. Все видно насквозь: конкретные торренты + вся статистика (когда начато скачивание, когда закончено, когда пошла раздача, сколько роздано). Возможно подключение к трекеру и по HTTPS, но rutracker.org такой возможности не дает (мне тоже интересно почему).

Все пакеты которые я получаю и раздаю значит провайдер скачивает себе, чтобы узнать что это за фильм/программа?

Провайдер не хранит у себя весь трафик. Это технически невозможно. Но трафик обрабатывается, классифицируется и ведутся логи о том какой тип трафика когда входил/уходил от абонента.

Или он отслеживает факт скачивания .torrent файла, а затем делает вывод по идущим пакетам, что это скачивается?

В основном отслеживаются коммуникации между торрент-клиентом и трекером (там все самое интересное). Коммуникации между пирами требуют значительных мощностей для расшифровки, поэтому логгируется только факт коммуникации с определенным пиром, но не содержимое.

Когда я пользуюсь VPN, что видит провайдер?

Видит шифрованный траффик на конкретный IP. По IP можно узнать, что этот диапазон продается под VPSы. Сам факт шифрованного трафика вешает абонента в списки тех, "кому есть что скрывать", а значит подозреваемых при любом розыске.

Что я зашел на определенный IP и с него идут зашифрованные потоки?

Дальнейшее направление трафика от VPN-сервера отследить невозможно (по крайней мере, на оборудовании провайдера в автоматическом режиме). Но при целенаправленной слежке за абонентом в принципе возможно по временным меткам сопоставить трафик абонента с трафиком любого сервера.

OpenVPN будет работать через VPN IP и в браузере и при обновлении Windows, драйверов, ...?

В зависимости от настройки. Но в общем случае, да, так.

Читал, что в Windows есть такая особенность, что если провайдер как-то урезает пакет, то VPN отключается и сайту показывается мой реальный IP?

Это не связанно с провайдером. Это особенность Windows. Когда VPN отваливается, весь трафик вылетает наружу в открытом виде. Опять же зависит от настроек. Но это еще одна цена "удобства" при использовании Windows.

При этом провайдер видит на каком я сайте, что скачиваю?

VPN отвалился - хацкер спалился.

Таких фишек много?

Смотря о чем речь. В сфере сетевой безопасности и анонимности различных нюансов вообще много.

Как от них защитится?

Учить мат.часть. Разбираться в сетевых протоколах и в устройстве ОС.

Если пользуюсь каким-то расширением типа ZenMate, dotvpn, провайдер аналогично как и с VPN видит что что-то отправляется и приходит на определенный VPN IP?

Расширения очень разные. Они могут базироваться на совершенно разных технологиях. Ни один специалист вам не скажет за все расширения. Не исключено, что многие из них, по сути - honeypot, то есть созданы с целью слежения за любителями анонимности, привлекают своим удобством и дают ложное чувство безопасности.

При использовании Tor, кто-то пользуется моим IP, пока я пользуюсь чужим?

Нет. Если у вас не сконфигурирован Exit Node.

Что при этом видит провайдер, что я получаю потоки данных с определенных IP и каждый раз разный IP?

У них есть система точного обнаружения использования Tor. Это факт остается в логах с теми же последствиями, что и для VPN.

Провайдер видит URL?

Через Tor и VPN - нет.

Каким образом можно полностью управлять сетью на ПК, видеть что, куда и когда отправляется или приходит на ПК (Windows, Linux)?

Видеть все: https://www.google.com/search?q=Wireshark
Блокировать все лишнее: https://www.google.com/search?q=Comodo+Firewall